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[BOOKデータベースより]
第1章 序論(マイクロアレイ;RNA‐seq)
第2章 データ取得(マイクロアレイ;RNA‐seq)
第3章 データ解析(基礎)(マイクロアレイ;RNA‐seq)
第4章 データ解析(応用)(マイクロアレイ;RNA‐seq)
トランスクリプトーム解析を行うための一連のスクリプト集である著者の2つのウェブページを体系的にまとめた書籍。マイクロアレイとRNA−seqをRで自在に解析するための基本的な考え方や注意点を解説。
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今日ではインターネット上の検索エンジンでキーワード検索すれば個別の情報は簡単に得られる。しかし本書のメインターゲットである生命科学分野の実験系研究者やこれからバイオインフォマティクスを学ぼうとする大学院生にとっては特に統計関連の記述は難解であろう。巷に溢れている統計関連書籍の記述内容もまた意味不明だという声をよく聞く。
本書はトランスクリプトーム解析を行うための一連のスクリプト集である著者の2つのウェブページ「(Rで)マイクロアレイデータ解析; https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html」および「(Rで)塩基配列解析; https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html」を体系的にまとめた初の書籍である。
まず手元にある実際のデータやその解析結果を示し解釈の仕方を述べてから一般論に導く記述形式を採用している。主な目的は実データの解析結果を徹底的に眺めることで統計的な感覚や数式の感覚を身につけることである。一般に書籍中に記載されているRパッケージや関数はパッケージ自体がなくなってしまっていたりオプションが変更されるなど比較的早期に陳腐化していく。本書はもちろん執筆時点で最新の解析手順やRの関数を利用しているがそれらの賞味期限は短いことが予想される。そのため最新の利用手順は2つのウェブページを参考にされたい。本書はトランスクリプトーム解析のための二大技術であるマイクロアレイとRNA-seqをRで自在に解析するための基本的な考え方や注意点を体系的にまとめたものである。